我院谢为博副教授课题组近日在国际著名学术刊物《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表了题为“RiceVarMap: a comprehensive database of rice genomic variations”的研究论文，发布了水稻基因组序列变异数据库RiceVarMap。文章第一作者为硕士研究生赵虎。

基因组序列变异信息对功能基因组研究和作物遗传改良均具有重要作用。其中，单核苷酸多态性 （single nucleotide polymorphisms, SNP）与插入/缺失（insertions/deletions, INDEL）最为常见，使用最为广泛。

据了解，RiceVarMap （RiceVarMap, http://ricevarmap.ncpgr.cn）整合了来自全世界73个国家的1,479份栽培稻的测序数据，使用该课题组开发的分析方法，从中鉴定了6,551,358个SNP位点和1,214,627个INDEL位点，并获得了这些变异位点在不同品种中的分布信息。经过预测与评估，数据库中SNP数据的整体缺失率小于1%，准确性大于99%，是目前包含水稻栽培品种最多和变异信息最广泛的综合性数据库。该数据库对于水稻的遗传改良具有重要意义，将为水稻全基因组遗传变异信息的挖掘和水稻进化研究提供便利。目前，该课题组与中国种子集团、北京大学等单位合作，基于该数据已经开发了两款育种芯片，并开展了代谢组关联分析研究。

用户可以通过基因组上的坐标查询SNP/INDEL信息，也可以使用基因标识符作为关键词进行查询，同时还可以根据不同的等位基因在不同亚群之间的频率对SNP数据进行过滤。每个品种的SNP基因型都可以通过网页在线查询获得。而对于不同的品种，用户可以在线进行对比，获得所需分子标记及其他基因组变异信息。

除此之外，为了方便育种家和实验生物研究者的使用，数据库还提供了单倍型分析和引物设计的工具，同时提供下载功能，所有的分析结果和数据都可以下载以供进一步的研究。

该课题得到了自然科学基金、863计划和高等学校博士学科点专项科研基金以及理科基地班学生科研能力提高项目的支持。

论文链接：http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2014/10/01/nar.gku894.abstract

相关参考文献：

1. Zhao H, Yao W, Ouyang Y, Yang W, Wang G, Lian X, Xing Y, Chen L, Xie W. RiceVarMap: a comprehensive database of rice genomic variations. Nucleic Acids Res, 2014, doi: 10.1093/nar/gku894

2. Chen W, Gao Y, Xie W, Gong L, Lu K, Wang W, Li Y, Liu X, Zhang H, Dong H, Zhang W, Zhang L, Yu S, Wang G, Lian X, Luo J. Genome-wide association analyses provide genetic and biochemical insights into natural variation in rice metabolism. Nat Genet, 2014, 46: 714-721

3. Chen H, Xie W, He H, Yu H, Chen W, Li J, Yu R, Yao Y, Zhang W, He Y, Tang X, Zhou F, Deng X W, Zhang Q. A High-Density SNP Genotyping Array for Rice Biology and Molecular Breeding. Mol Plant, 2014, 7: 541-553

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