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华盛顿大学叶凯博士畅谈蛋白质和DNA序列分析新算法

发布日期:2015-12-26 发表者:辛西 浏览次数:

(文|通讯员 李佳成)2015年12月25日上午,应bat365官网登录入口张红雨教授邀请,美国华盛顿大学助理教授叶凯博士在第二综合楼C602会议室作了题为”Novel algorithms in protein and DNA sequenceanalysis”的学术报告。报告由谢为博副教授主持。

叶凯博士向大家系统介绍了他在蛋白质和DNA序列分析领域开创的系列算法。在蛋白质序列分析方面,他介绍了“信息熵”的方法,通过计算GPCR蛋白同源序列的每个位点的信息熵来确定位点的保守性,并以此来判断不同位点的生物学功能。在DNA序列分析方面,叶凯首先介绍了不同结构变异的类型,例如大片段的插入缺失、串联重复、倒位和易位等,然后详细解释了他开发的一系列基于二代测序数据(NGS)鉴定结构变异的算法,这些算法克服了NGS读长过短造成的困难,准确鉴定了人类基因组上的结构变异。最后,叶凯介绍了使用新开发的算法分析大量肿瘤样品获得的新成果。会后,叶凯博士与bat365官网登录入口师生就动植物结构变异鉴定展开了热烈的讨论与交流。

人物简介:叶凯博士,现任华盛顿大学McDonnell Genome Institute助理教授,以主要成员身份参加美国肿瘤基因组路线图计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)等国际重大科学工程,负责结构变异鉴定方面的研究工作,成果颇丰。叶凯博士开发了多种基于二代测序数据检测基因组结构变异的算法,其中Pindel软件被引用超过500次。在基因组学、生物信息学及相关领域共发表研究论文40余篇,包括Nature(10篇)及多个子刊、Science(3篇)、PNAS、Genome Research等高影响力期刊,其中作为第一作者和通讯作者发表10余篇。累计他引11227次,单篇最高他引3751次。

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